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Bio­in­for­ma­tik

Vor­be­mer­kun­gen

 

Bil­dungs­plan­über­sicht

Schul­jahr Bil­dungs­plan­ein­hei­ten Zeit­rich­t-wert Ge­sam­t-stun­den
Ein­gangs­klas­se Ver­tie­fung – In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen – Pro­jekt­un­ter­richt (VIP) 20
1 Do­ku­men­ta­ti­on von na­tur­wis­sen­schaft­li­chen Ver­su­chen in ei­nem di­gi­ta­len La­bor­jour­nal
20
2 An­wen­dung ei­nes Ta­bel­len­kal­ku­la­ti­ons­pro­gram­mes zur Aus­wer­tung und Dar­stel­lung von na­tur­wis­sen­schaft­li­chen Da­ten
10
3 Er­stel­len von Ani­ma­tio­nen und Lern­vi­de­os zur Er­läu­te­rung von zell- oder mo­le­ku­lar­bio­lo­gi­schen Vor­gän­gen
20 70
Zeit für Leis­tungs­fest­stel­lung 10
80
Jahr­gangs­stu­fe 1 Ver­tie­fung – In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen – Pro­jekt­un­ter­richt (VIP) 20
4 Bio­lo­gi­sche Mo­le­kü­le als In­for­ma­ti­ons­trä­ger
12
5 Ge­no­mik: Ge­ne­rie­rung, Ver­wal­tung und Aus­wer­tung bio­lo­gi­scher Se­quenz­da­ten
6
6 Nut­zung von bio­lo­gi­schen Se­quenz­da­ten­ban­ken
6
7 Dar­stel­lung und In­ter­pre­ta­ti­on von paar­wei­sen Se­quenz­ver­glei­chen mit­hil­fe der Do­t-Plo­t-Me­tho­de
8
8 Er­stel­len von Se­quen­za­li­gn­ments zur Be­ar­bei­tung bio­lo­gi­scher Fra­ge­stel­lun­gen
10
9 Se­quenz­ba­sier­te Da­ten­ban­k-Ab­fra­gen mit BLAST
8 70
Zeit für Leis­tungs­fest­stel­lung 10
80
Jahr­gangs­stu­fe 2 Ver­tie­fung – In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen – Pro­jekt­un­ter­richt (VIP) 16
10 Stamm­baum­re­kon­struk­ti­on: Evo­lu­ti­on, Ta­xo­no­mie und mo­le­ku­la­re Phy­lo­ge­nie
20
11 Pro­gram­mie­rung zur Se­quenz­ana­ly­se
20 56
Zeit für Leis­tungs­fest­stel­lung 8
64

Ein­gangs­klas­se

Ver­tie­fung – In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen – Pro­jekt­un­ter­richt (VIP)

20

Ver­tie­fung

In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen

Pro­jekt­un­ter­richt

z. B.
Übun­gen
An­wen­dun­gen
Wie­der­ho­lun­gen
z. B.
Selbst­or­ga­ni­sier­tes Ler­nen
Lern­ver­ein­ba­run­gen
Bin­nen­dif­fe­ren­zie­rung
z. B.
Er­stel­len ei­nes wis­sen­schaft­li­chen Pos­ters in elek­tro­ni­scher Form und des­sen Prä­sen­ta­ti­on mit ei­nem Bild­schirm­prä­sen­ta­ti­ons-pro­gramm
Die The­men­aus­wahl des Pro­jekt­un­ter­richts hat aus den nach­fol­gen­den Bil­dungs­plan­ein­hei­ten un­ter Be­ach­tung Fä­cher ver­bin­den­der As­pek­te zu er­fol­gen.

BPE 1

Do­ku­men­ta­ti­on von na­tur­wis­sen­schaft­li­chen Ver­su­chen in ei­nem di­gi­ta­len La­bor­jour­nal

20

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler nut­zen ei­ne di­gi­ta­le Platt­form, um Ver­su­che aus dem na­tur­wis­sen­schaft­li­chen Un­ter­richt zu pro­to­kol­lie­ren und die Ver­such­s­er­geb­nis­se zu in­ter­pre­tie­ren. Sie er­ken­nen, dass durch den Aus­tausch von Ma­te­ria­li­en und durch das ge­mein­sa­me, struk­tu­rier­te Be­ar­bei­ten von Auf­ga­ben­stel­lun­gen Lern­er­fol­ge ver­bes­sert wer­den kön­nen. Da­bei ler­nen sie auch die für die Nut­zung von di­gi­ta­len Me­di­en not­wen­di­gen Prin­zi­pi­en der Da­ten­si­cher­heit ken­nen.

BPE 1.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler stel­len Er­geb­nis­se aus na­tur­wis­sen­schaft­li­chen Ver­su­chen in ei­nem di­gi­ta­len La­bor­jour­nal in ge­eig­ne­ten Da­tei­for­ma­ten dar und do­ku­men­tie­ren die­se. Sie über­prü­fen die er­stell­ten Do­ku­men­ta­tio­nen nach dem Peer-Re­view-Ver­fah­ren.

Di­gi­ta­le Platt­form
Mood­le, Lab­fol­der; Be­rufs­ori­en­tie­rung: Do­ku­men­ta­ti­on von La­bor­tä­tig­kei­ten nach GLP (Gu­te La­bor­pra­xis)
  • Da­ten­sät­ze: Ver­suchs­be­ob­ach­tun­gen, Bild­ma­te­ri­al, Mess­da­ten
La­bor­übun­gen, Ver­su­che im Un­ter­richt; ge­mein­sa­mes Be­ar­bei­ten von Da­ten­sät­zen
  • For­ma­te: Text‑, Ta­bel­len­kal­ku­la­ti­ons‑, Bild­da­tei­en
.txt, .docx, .jpeg, .xlsx

  • Da­tei­über­sicht, Struk­tur der Da­tei­ab­la­ge

BPE 1.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ver­voll­stän­di­gen die be­stehen­de Do­ku­men­ta­ti­on von Ver­su­chen mit er­läu­tern­den Da­tei­en. Auf die­ser Ba­sis wer­ten sie die Ver­such­s­er­geb­nis­se aus und neh­men Stel­lung zu Ver­suchs­durch­füh­rung und Ver­such­s­er­geb­nis.

Da­ten­sät­ze: theo­re­ti­sche Grund­la­gen
Un­ter­richts­ma­te­ria­li­en; Sche­ma­ta, Ex­zer­pte
Aus­wer­tung
Dis­kus­si­ons­fo­rum
  • In­ter­pre­ta­ti­on der Be­ob­ach­tun­gen

  • gra­fi­sche Dar­stel­lung und Aus­wer­tung von Mess­da­ten, In­ter­pre­ta­ti­on der Da­ten
vgl. BPE 2
  • In­ter­pre­ta­ti­on der Ver­suchs­kon­trol­len und be­schrei­ben­de Feh­ler­be­trach­tung

Do­ku­men­tier­te Stel­lung­nah­me
For­mat: .pdf

BPE 1.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­grün­den die Not­wen­dig­keit für den si­che­ren Um­gang mit Da­ten bei der Nut­zung des La­bor­jour­nals als di­gi­ta­les Me­di­um. Sie be­wer­ten Richt­li­ni­en für die Ver­ga­be von Nut­zungs­rech­ten.

Da­ten­schutz
Da­ten­schut­z-Grund­ver­ord­nung
Da­ten­si­cher­heit

  • Au­then­ti­fi­zie­rung
durch Log­in
  • Ver­ga­be von Zu­gangs- und Be­ar­bei­tungs­rech­ten
Au­to­ren­kon­trol­le

BPE 2

An­wen­dung ei­nes Ta­bel­len­kal­ku­la­ti­ons­pro­gram­mes zur Aus­wer­tung und Dar­stel­lung von na­tur­wis­sen­schaft­li­chen Da­ten

10

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den ein Ta­bel­len­kal­ku­la­ti­ons­pro­gramm zur Er­fas­sung und Dar­stel­lung na­tur­wis­sen­schaft­li­cher Da­ten an. Sie ge­win­nen die Er­kennt­nis, dass die durch das Pro­gramm ge­ge­be­nen Aus­wer­tungs- und Dar­stel­lungs­mög­lich­kei­ten die Auf­be­rei­tung der Da­ten ver­bes­sern kön­nen. Da­bei ver­tie­fen sie ihr ei­ge­nes Ver­ständ­nis für das Da­ten­ma­te­ri­al und des­sen In­ter­pre­ta­ti­on. Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­ken­nen, dass durch die Form der Dar­stel­lung die In­ter­pre­ta­ti­on der Da­ten bis zu ei­nem ge­wis­sen Maß ge­lenkt wer­den kann. So wer­den sie im Um­gang mit ent­spre­chen­den Dia­gram­men in Be­zug auf de­ren In­ter­pre­ta­ti­on sen­si­bi­li­siert.

BPE 2.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler stel­len na­tur­wis­sen­schaft­li­che Da­ten in ei­nem Ta­bel­len­kal­ku­la­ti­ons­pro­gramm dar und wer­ten sie mit­hil­fe ei­nes Re­chen­blatts aus.

Ein­ga­be von Da­ten

  • Zell­for­ma­te

  • Da­ten im­por­tie­ren
vgl. BPE1
Aus­wer­ten von Da­ten
vgl. In­for­ma­tik, Ein­gangs­klas­se
  • For­meln

  • Ein­satz von Funk­tio­nen: WENN, VER­WEIS, SUM­ME, MIT­TEL­WERT, AN­ZAHL, MAX, MIN
LOG10
  • re­la­ti­ve Zelladres­se

  • ab­so­lu­te Zelladres­se

BPE 2.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­stel­len Dia­gram­me zu den auf ei­nem Re­chen­blatt er­fass­ten Da­ten. Sie de­fi­nie­ren Dia­gramm­ty­pen und be­grün­den de­ren Wahl mit dem zu­grun­de­lie­gen­den Zah­len­ma­te­ri­al und dem Ziel der Vi­sua­li­sie­rung.

Dia­gram­m-As­sis­tent
vgl. BPE 1
Da­ten­quel­le: Ru­bri­ken, Da­ten­rei­hen

Dia­gramm­ty­pen

  • Säu­le
z. B. An­ti­bio­gramm
  • Kreis
z. B. In­halts­stof­fe des Cy­to­plas­mas
  • Punkt (XY)
z. B. Wachs­tums­kur­ve

BPE 2.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den zu­sätz­li­che Dia­gram­m­ele­men­te für ei­ne ver­tief­te Aus­wer­tung der Da­ten an und dis­ku­tie­ren die Aus­sa­ge­kraft des er­stell­ten Dia­gramms.

Dia­gramm- und Ach­sen­ti­tel

Da­ten­be­schrif­tung

Le­gen­de

Trend­li­ni­en
Da­ten­lü­cken
Aus­sa­ge­kraft: Kri­te­ri­en­ka­ta­log
z. B. Da­ten­aus­wahl, Ach­sen­aus­schnit­te; ob­jek­ti­ve ver­sus ma­ni­pu­la­ti­ve Dar­stel­lung

BPE 3

Er­stel­len von Ani­ma­tio­nen und Lern­vi­de­os zur Er­läu­te­rung von zell- oder mo­le­ku­lar­bio­lo­gi­schen Vor­gän­gen

20

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­ken­nen das Po­tenzial von Ani­ma­tio­nen und Vi­deo­se­quen­zen zur mo­dell­haf­ten Dar­stel­lung von kom­ple­xen zel­lu­lä­ren oder mo­le­ku­la­ren Vor­gän­gen. Sie nut­zen die selbst er­stell­ten Mo­del­le zur Vi­sua­li­sie­rung und Er­klä­rung der ent­spre­chen­den Ab­läu­fe. Da­bei re­flek­tie­ren sie Ei­gen­schaf­ten bzw. Kenn­zei­chen, die Lern­vi­de­os auf­wei­sen soll­ten, um ih­re Funk­ti­on er­fül­len zu kön­nen.

BPE 3.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­wei­tern ih­re Kennt­nis­se über Bild­schirm­prä­sen­ta­ti­ons­pro­gram­me um die Ani­ma­ti­on von Ob­jek­ten. Sie stel­len ei­nen ein­fa­chen bio­lo­gi­schen oder che­mi­schen Ab­lauf mo­dell­haft dar.

Ein­fü­gen von For­men, Sym­bo­len, Text­fel­dern, Gra­fi­ken als ani­mier­ba­re Ob­jek­te
vgl. In­for­ma­tik, Ein­gangs­klas­se
An­ord­nen, Grup­pie­ren, Po­si­tio­nie­ren von Ob­jek­ten

Ani­ma­ti­on von Ob­jek­ten, Ef­fek­top­tio­nen
z. B. Er­schei­nen, Ver­blas­sen, Ro­tie­ren
Er­stel­len von Ani­ma­ti­ons­pfa­den
z. B. be­nut­zer­de­fi­nier­te Pfad­ani­ma­ti­on
Ver­bin­den der ani­mier­ten Ob­jek­te zur Dar­stel­lung ei­nes Ab­laufs
z. B. Mo­dell zum Bin­den ei­nes Sub­strats an ein En­zym

BPE 3.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den Vi­deo­be­ar­bei­tungs­pro­gram­me zum Er­stel­len ei­nes Lern­vi­de­os an.

Im­por­tie­ren von Fo­tos und Vi­deo­se­quen­zen
Ein­satz von Ta­blets
Schnei­den, über­blen­den von Vi­deo­se­quen­zen
Stop-Mo­ti­on-Tech­nik
Ein­fü­gen von Ti­teln, Un­ter­ti­teln

Er­stel­len ei­ner Ton­spur: Au­dio­kom­men­tar
Da­ten­schutz; Ur­he­ber­recht

BPE 3.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­läu­tern ei­nen kom­ple­xen Vor­gang un­ter An­wen­dung von Bild­schirm­prä­sen­ta­ti­ons-, Ani­ma­ti­ons- oder Vi­deo­be­ar­bei­tungs­pro­gram­men zum Er­stel­len ei­nes Lern­vi­de­os. Sie dis­ku­tie­ren und be­ur­tei­len die Qua­li­tät des Lern­vi­de­os.

Vi­sua­li­sie­rung ei­nes zell‑, mo­le­ku­lar­bio­lo­gi­schen oder che­mi­schen Vor­gangs
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Ein­gangs­klas­se: z. B. Mito­se, Stoff­trans­port, DNA-Re­pli­ka­ti­on
vgl. Che­mie, Ein­gangs­klas­se: z. B. Lö­sungs­vor­gang
Dis­kus­si­on, Qua­li­täts­be­ur­tei­lung: Kri­te­ri­en­ka­ta­log
z. B. fach­li­che Kor­rekt­heit, tech­ni­sche Um­set­zung

Jahr­gangs­stu­fe 1

Ver­tie­fung – In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen – Pro­jekt­un­ter­richt (VIP)

20

Ver­tie­fung

In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen

Pro­jekt­un­ter­richt

z. B.
Übun­gen
An­wen­dun­gen
Wie­der­ho­lun­gen
z. B.
Selbst­or­ga­ni­sier­tes Ler­nen
Lern­ver­ein­ba­run­gen
Bin­nen­dif­fe­ren­zie­rung
z. B.
Se­quenz­ana­ly­se: Un­ter­su­chung ver­schie­de­ner As­pek­te der Gen­struk­tur und ‑funk­ti­on (In­su­lin­gen)
Se­quenz­ana­ly­se: Ver­gleich von Klein­ge­no­men (HIV-Stäm­me)
Die The­men­aus­wahl des Pro­jekt­un­ter­richts hat aus den nach­fol­gen­den Bil­dungs­plan­ein­hei­ten un­ter Be­ach­tung Fä­cher ver­bin­den­der As­pek­te zu er­fol­gen.

BPE 4

Bio­lo­gi­sche Mo­le­kü­le als In­for­ma­ti­ons­trä­ger

12

Als Grund­la­ge für die bio­in­for­ma­ti­sche Ana­ly­se von Se­quenz­da­ten ma­chen sich die Schü­le­rin­nen und Schü­ler die Be­deu­tung der Pro­te­ine und Nu­kle­in­säu­ren als zen­tra­le Be­stand­tei­le des In­for­ma­ti­ons­spei­cher- und In­for­ma­ti­ons­um­set­zungs­sys­tems von Zel­len be­wusst. Aus der Be­trach­tung von Gen­struk­tu­ren lei­ten sie ab, dass sich der In­for­ma­ti­ons­ge­halt von DNA nicht nur auf die Co­die­rung von Bau­plä­nen be­schränkt, son­dern auch die Steue­rung der Ge­n­ex­pres­si­on um­fasst. Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­ken­nen, dass das Spei­cher­me­di­um DNA ein enor­mes Po­tenzial hin­sicht­lich tech­no­lo­gi­scher An­wen­dun­gen auf­weist und in sei­ner Kom­ple­xi­tät auch die Ver­wen­dung bio­in­for­ma­ti­scher Me­tho­den zur Ana­ly­se er­for­dert.

BPE 4.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­nen­nen zel­lu­lä­re Bio­m­a­kro­mo­le­kü­le und de­ren prin­zi­pi­el­le Funk­ti­on. Sie iden­ti­fi­zie­ren Nu­kle­in­säu­ren und Pro­te­ine als die we­sent­li­chen in­for­ma­ti­ons­tra­gen­den so­wie funk­tio­nel­len Mo­le­kü­le und be­schrei­ben de­ren che­mi­schen Auf­bau.

Po­ly­sac­cha­ri­de, Li­pi­de, Pro­te­ine, Nu­kle­in­säu­ren

Auf­bau der Nu­kle­in­säu­ren
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Ein­gangs­klas­se
  • Nu­kleo­ti­d-Sym­bo­le: A, C, G, T, U

  • RNA als Ein­zel‑, DNA als Dop­pel­strang

  • Strang­po­la­ri­tä­ten
vgl. BPE 6
Auf­bau der Pro­te­ine
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Ein­gangs­klas­se
  • Ami­no­säu­ren: Ein-Buch­sta­ben­code
Se­kun­där‑, Ter­ti­är‑, Quar­t­är­struk­tu­ren
  • Strang­po­la­ri­tä­ten
vgl. BPE 6
  • che­mi­sche Ei­gen­schaf­ten der Ami­no­säu­re-Sei­ten­ket­ten
un­po­lar, po­lar un­ge­la­den, ba­sisch, sau­er

BPE 4.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben die Struk­tur und die prin­zi­pi­el­len Funk­ti­ons­ele­men­te von pro- und eu­ka­ryo­ti­schen Ge­nen. An­hand aus­ge­wähl­ter Funk­ti­ons­ele­men­te stel­len sie die Funk­ti­ons­wei­se von DNA als bio­lo­gi­schen In­for­ma­ti­ons­spei­cher dar.

Co­die­ren­der Be­reich, Exons, In­trons
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 1
Tran­skri­bier­ter Be­reich, UTR, RBS, Ter­mi­na­tor
un­trans­la­ted re­gi­on; Ri­bo­so­men­bin­dungs­stel­le
Pro­mo­tor, Ope­ra­tor, En­han­cer, Si­len­cer

Cap­ping- und Po­lya­de­ny­lie­rungs­stel­le

Text­ver­ar­bei­tungs­do­ku­ment: Se­quenz­ver­gleich, Con­sen­sus-Mo­ti­ve
von Hand; vgl. BPE 8¸Prib­now- oder TA­TA-Box¸ Shi­ne-Dal­gar­no-Se­quenz
Re­chen­blatt: kon­zep­tio­nel­le Tran­skrip­ti­on und Trans­la­ti­on
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 1

BPE 4.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler kenn­zeich­nen die Co­die­rungs­mög­lich­kei­ten von DNA und an­de­ren in­for­ma­ti­ons­tra­gen­den Me­di­en. Sie ent­wi­ckeln Stra­te­gi­en zur Um­wand­lung und Spei­che­rung von Tex­ten als DNA-Mo­le­kül.

Nu­kleo­tid als Spei­che­r­ein­heit

Codon bzw. Se­quenz­mo­tiv als Da­ten­men­ge

Bi­när- bzw. Quar­t­är­code
Bit, Byte
Al­pha­bet als Sprach- und Text­code
Cä­sar­code
Um­co­die­ren von Tex­ten in DNA-Code
ASCII-Ta­bel­le; „Sha­ke­speares So­net­te in DNA“

BPE 4.4

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben das Po­ten­zi­al der DNA als mo­der­nes Spei­cher- und Kenn­zeich­nungs­me­di­um.

Spei­cher­ka­pa­zi­tät, Da­ten­dich­te

Halt­bar­keit des Da­ten­trä­gers

Kos­ten, Nach­hal­tig­keit
tech­no­lo­gi­sche Ent­wick­lung
DNA-Code zur Pro­dukt­kenn­zeich­nung
Si­gNa­tu­re-T-Tech­no­lo­gie, di­gi­ta­le Was­ser­zei­chen in syn­the­ti­schen Ge­nen und Ge­no­men

BPE 5

Ge­no­mik: Ge­ne­rie­rung, Ver­wal­tung und Aus­wer­tung bio­lo­gi­scher Se­quenz­da­ten

6

Aus der Er­kennt­nis her­aus, dass bio­lo­gi­sche Se­quenz­da­ten In­for­ma­tio­nen zum Ver­ständ­nis zel­lu­lä­rer Pro­zes­se lie­fern kön­nen, be­schäf­ti­gen sich die Schü­le­rin­nen und Schü­ler mit der Ge­no­mik als der Dis­zi­plin, die Se­quenz­da­ten in gro­ßem Maß­stab ge­ne­riert, ver­wal­tet und aus­wer­tet. Sie er­ken­nen, dass bio­in­for­ma­ti­sche Me­tho­den zur Be­wäl­ti­gung der an­fal­len­den Da­ten­men­gen un­er­läss­lich sind. Ih­nen wird be­wusst, dass die Ge­no­mik letzt­end­lich dar­auf ab­zielt, die Funk­ti­on ge­sam­ter Ge­no­me, so­wie de­ren Entste­hung in der Evo­lu­ti­on of­fen­zule­gen.

BPE 5.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­nen­nen Vor­ge­hen und Ziel­set­zun­gen der Ge­no­mik, z. B. in Form ei­nes Ad­van­ce Or­ga­ni­zers.

Ge­nom-Se­quen­zie­rungs­pro­jek­te
Hu­man Ge­no­me Or­ga­ni­sa­ti­on (HU­GO)
Auf­be­rei­tung der Da­ten, Ana­ly­se: Da­ten­ban­ken
vgl. BPE 6, z. B. OMIM-Da­ten­bank am NCBI
Ziel­set­zun­gen der Ge­no­mik

  • Iden­ti­fi­zie­rung von Erb­krank­hei­ten
me­di­zi­ni­sche Dia­gnos­tik, per­so­na­li­sier­te Me­di­zin
  • Auf­de­cken von Re­gu­la­ti­ons­me­cha­nis­men
Gen­struk­tur, ‑funk­ti­on, ‑re­gu­la­ti­on
  • Ver­ständ­nis der Evo­lu­ti­on
Ho­mo­lo­gi­en

BPE 5.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben die Se­quen­zie­rung gro­ßer DNA-Mo­le­kü­le auf der Ba­sis des Schrot­schus­s-Ver­fah­rens. Mit­hil­fe von Mo­dell­se­quen­zen ent­wi­ckeln die Schü­le­rin­nen und Schü­ler die prin­zi­pi­el­le Me­tho­dik der Se­quen­z-As­sem­blie­rung und über­prü­fen das Er­geb­nis.

Ge­no­mi­sche Bi­blio­thek, Klon­samm­lung
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 1
Über­lap­pen­de Frag­men­te
Re­strik­ti­on, So­ni­fi­zie­rung
Hoch­durch­sat­z-Se­quen­zie­rung
vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 1
Über­lap­pen­de Se­quen­z-Frag­men­te, Se­quen­z-Con­tig, Se­quen­z-As­sem­blie­rung
Ge­ne­rie­rung über­lap­pen­der Frag­men­te und des Con­tigs von Hand oder mit ge­eig­ne­tem Pro­gramm (z. B. CLC Se­quence View­er)

BPE 6

Nut­zung von bio­lo­gi­schen Se­quenz­da­ten­ban­ken

6

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­fah­ren, dass In­for­ma­tio­nen über Nu­kle­in­säu­re- und Ami­no­säu­re­se­quen­zen in Da­ten­ban­ken in be­stimm­ten For­ma­ten hin­ter­legt sind. Sie ler­nen all­ge­mei­ne Grund­sät­ze ken­nen, nach de­nen In­for­ma­tio­nen aus Da­ten­ban­ken ab­ge­ru­fen wer­den kön­nen. Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler kön­nen In­for­ma­tio­nen aus der Be­schrei­bung ei­nes Se­quenz­ein­trags oder aus der Nu­kleo­tid- bzw. Ami­no­säu­re­se­quenz ent­neh­men. Da­durch wird ih­nen die Be­deu­tung von Se­quenz­da­ten­ban­ken nicht nur für die Ver­wal­tung von Se­quenz­da­ten, son­dern auch für de­ren Cha­rak­te­ri­sie­rung und da­mit der Ana­ly­se von Gen- oder Ge­nom­se­quen­zen be­wusst ge­macht.

BPE 6.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben die Dar­stel­lungs­for­men bei­spiel­haf­ter Da­ten­sät­ze in ei­ner Se­quenz­da­ten­bank und er­läu­tern de­ren Glie­de­rung.

Se­quenz­da­ten­bank: Nu­cleo­ti­de im Gen­Ban­k-For­mat
NCBI; vgl. auch Se­quenz­da­ten­bank Pro­te­in im Gen­Pep­t-For­mat
Da­ten­satz: ty­pi­sches pro­te­in­co­die­ren­des Gen
In­su­lin­gen; vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 1
  • Ac­ces­si­on Num­ber

  • Kon­ven­tio­nen zur Se­quen­z-Dar­stel­lung

  • Se­quenz­tei­le
FEA­TURES/trans­la­ti­on; ORIGIN
  • An­no­ta­ti­ons­teil, Da­ten­fel­der
z. B. TIT­LE, AUT­HORS, OR­GANISM
  • FAS­TA-For­mat
Da­ten­ver­ar­bei­tung; vgl. BPE 11

BPE 6.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ent­wi­ckeln Ab­fra­ge­stra­te­gi­en zum ziel­ge­rich­te­ten, auf Such­kri­te­ri­en ba­sie­ren­dem Ab­ru­fen von Gen­Ban­k-Da­ten­sät­zen und wen­den da­bei lo­gi­sche Ope­ra­to­ren an.

Text­ba­sier­te Such­kri­te­ri­en
z. B. Gen-Na­me, Or­ga­nis­mus
Ab­fra­ge­stra­te­gi­en
Ad­van­ced Se­arch
  • Da­ten­fel­d-be­zo­ge­ne Such­be­grif­fe
z. B. Ho­mo und Da­ten­feld OR­GANISM
  • Ver­wen­dung von An­füh­rungs­stri­chen
z. B. „Ho­mo sa­pi­ens“
  • Kom­bi­na­ti­on von Such­be­grif­fen
AND, OR, NOT
  • Ver­wen­dung von Klam­mern

BPE 6.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den ei­ne Gen­Ban­k-Ab­fra­ge zum Auf­fin­den ei­nes de­fi­nier­ten Da­ten­sat­zes an. Im Hin­blick auf fest­ge­leg­te, die Se­quenz cha­rak­te­ri­sie­ren­de As­pek­te, wer­ten sie ei­nen Da­ten­satz aus.

Ziel­ge­rich­te­te Ab­fra­ge
Be­deu­tung der Ac­ces­si­on Num­ber
Ana­ly­se des Da­ten­sat­zes: An­no­ta­ti­ons-Da­ten­fel­der

  • Or­ga­nis­mus
OR­GANISM: ta­xo­no­mi­sche Ein­ord­nung; vgl. BPE 10
  • Gen­struk­tur, ‑funk­ti­on; Pro­tein­auf­bau
FEA­TURES; NCBI: Pro­te­in; Uni­Prot; vgl. BPE 4,
z. B. FOXP2, In­su­lin, Fak­tor IX

BPE 7

Dar­stel­lung und In­ter­pre­ta­ti­on von paar­wei­sen Se­quenz­ver­glei­chen mit­hil­fe der Do­t-Plo­t-Me­tho­de

8

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­grei­fen, dass aus Se­quenz­ver­glei­chen In­for­ma­tio­nen über die Funk­tio­nen von Bio­mo­le­kü­len ab­ge­lei­tet wer­den und Er­geb­nis­se von Se­quenz­ver­glei­chen grafisch dar­ge­stellt wer­den kön­nen. Es wird deut­lich, dass da­bei ent­ste­hen­de Mus­ter Hin­wei­se auf die bio­lo­gi­sche Be­deu­tung der ent­spre­chen­den Se­quenz­mo­ti­ve ge­ben. Dar­über hin­aus er­ken­nen die Schü­le­rin­nen und Schü­ler, dass ent­spre­chen­de Me­tho­den der bio­lo­gi­schen Se­quenz­ana­ly­se auch als ge­ne­rel­le Ver­fah­ren zur Ana­ly­se von tex­tu­el­len Mus­tern ein­ge­setzt wer­den kön­nen.

BPE 7.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ent­wi­ckeln die Me­tho­dik des Do­t-Plots zum po­si­ti­ons­wei­sen Ver­gleich von zwei Se­quen­zen und wen­den ge­eig­ne­te Pro­gram­me zur Ge­ne­rie­rung von Do­t-Plots an. Sie er­mit­teln Mus­ter in Do­t-Plots und stel­len Kor­re­la­tio­nen zu ei­ner mög­li­chen bio­lo­gi­schen Be­deu­tung dar.

Do­t-Plot mit ei­nem Re­chen­blatt
Me­tho­dik: Ma­trix mit zwei Se­quen­zen
Do­t-Plots mit ge­eig­ne­ten Pro­gram­men
Ge­pard, YASS, Ge­nei­ous, BLAST2se­quen­ces: Do­t-Ma­trix-View
Do­t-Plo­t-Mus­ter

  • voll­stän­di­ge bzw. par­ti­el­le Se­quenz­über­ein­stim­mung

  • re­pe­ti­ti­ve Se­quenz­mo­ti­ve
z. B. STR
  • re­ver­tier­te Se­quenz­mo­ti­ve
z. B. re­ver­tier­te Ge­nom­ab­schnit­te als Un­ter­schei­dungs­merk­mal von E. co­li-Stäm­men
  • ho­mo­po­ly­me­re Se­quenz­mo­ti­ve
z. B. po­ly(A)-Schwanz

BPE 7.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­wei­tern den po­si­ti­ons­wei­sen Se­quenz­ver­gleich um die Fens­ter­me­tho­de zur Ge­ne­rie­rung von Do­t-Plots. Sie be­grün­den die Be­deu­tung der Fens­ter­grö­ße und er­läu­tern die Be­deu­tung des Über­ein­stim­mungs­kri­te­ri­ums in­ner­halb ei­nes Se­quenz­fens­ters für den Ver­gleich we­nig ähn­li­cher Se­quen­zen.

Fens­ter­me­tho­de: Fens­ter­grö­ße, Über­ein­stim­mungs­kri­te­ri­um
Wahl des Thres­hold z. B. 4 von 5 Se­quenz­po­si­tio­nen des Fens­ters
Aus­schluss zu­fäl­li­ger Über­ein­stim­mun­gen

Do­t-Plots mit ho­mo­lo­gen Ge­nen
Codon­nut­zung
  • DNA/mR­NA-Se­quenz­ebe­ne

  • Ami­no­säu­re-Se­quenz­ebe­ne

BPE 7.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler dis­ku­tie­ren An­wen­dungs­mög­lich­kei­ten der Do­t-Plo­t-Me­tho­de als Mus­ter­er­ken­nungs­ver­fah­ren au­ßer­halb der bio­lo­gi­schen Se­quenz­ana­ly­se.

Bio­lo­gi­sche Se­quen­zen als tex­tu­el­le Mus­ter

Ana­ly­se von Tex­ten
Auf­fin­den von tex­tu­el­len Pla­gia­ten

BPE 8

Er­stel­len von Se­quen­za­li­gn­ments zur Be­ar­bei­tung bio­lo­gi­scher Fra­ge­stel­lun­gen

10

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­ken­nen, dass das Er­stel­len von Ali­gn­ments als ei­ne Me­tho­de des Se­quenz­ver­gleichs nicht nur Aus­sa­gen über den Ähn­lich­keits­grad der ver­gli­che­nen Se­quen­zen er­laubt; viel­mehr wird ih­nen be­wusst, dass Ali­gn­ments auch die Iden­ti­fi­ka­ti­on von funk­tio­nell be­deut­sa­men Ab­schnit­ten in Nu­kleo­tid- oder Ami­no­säu­re­se­quen­zen er­mög­li­chen. In die­sem Zu­sam­men­hang wird ih­nen die Be­deu­tung der Al­go­rith­mus-Ent­wick­lung nä­her ge­bracht. Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ver­ste­hen, dass die Kennt­nis von funk­tio­nell be­deut­sa­men Se­quenz­mo­ti­ven ei­nen wich­ti­gen An­satz­punkt zur funk­tio­nel­len Ana­ly­se von Nu­kleo­tid- oder Ami­no­säu­re­se­quen­zen un­be­kann­ter Funk­ti­on bie­tet und da­mit ei­nen wich­ti­gen Bei­trag hin­sicht­lich der Ziel­set­zun­gen der Ge­no­mik leis­ten kann.

BPE 8.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben das Ali­gn­ment als ei­ne Me­tho­de des Se­quenz­ver­gleichs.

De­fi­ni­ti­on von Ali­gn­ment, Ziel­set­zun­gen
vgl. BPE 5, BPE 9
Va­ri­an­ten: glo­bal, lo­kal, paar­wei­se, mul­ti­pel; Nu­kleo­tid- oder Ami­no­säu­re­se­quen­zen

BPE 8.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ent­wi­ckeln ei­nen Al­go­rith­mus zum Er­stel­len von paar­wei­sen Nu­kleo­ti­d-A­lig­ments und er­läu­tern die Be­deu­tung von Ga­p-Pe­nal­ties für die Sco­re-Be­stim­mung.

De­fi­ni­ti­on von Al­go­rith­mus
vgl. BPE 10 – 11
Need­le­man-Wunsch-Al­go­rith­mus
Ein­satz ei­nes Re­chen­blatts
  • Initia­li­sie­rung ei­ner Ma­trix

  • Ein­trag in ei­ne Ma­trix: Match, Mis­match

  • Gaps, Ga­p-Pe­nal­ties; Sco­re-Be­stim­mung

  • Back-Tracking
von Hand

BPE 8.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den ge­eig­ne­te Pro­gram­me zum Er­stel­len von Ali­gn­ments an und er­läu­tern die Be­deu­tung von Sub­sti­tu­ti­ons­ma­tri­zen für das Ali­gn­ment von Ami­no­säu­re­se­quen­zen. Sie be­ur­tei­len er­stell­te Ali­gn­ments auf der Ba­sis re­le­van­ter Grö­ßen.

Paar­wei­se glo­ba­le/lo­ka­le Ali­gn­ments
EM­BOSS Need­le/Wa­ter, BLAST2se­quen­ces
Un­ter­schie­de glo­ba­le/lo­ka­le Ali­gn­ments

Sub­sti­tu­ti­ons­ma­trix: Mu­ta­ti­ons­ra­te, Sco­re
BLOSUM; Clustal; vgl. BPE 9
Grö­ßen: Iden­ti­ty, Si­mi­la­ri­ty, Gaps, Sco­re

BPE 8.4

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den mul­ti­ple Nu­kleo­tid- und Ami­no­säu­re-A­li­gn­ments zum Be­ar­bei­ten bio­lo­gi­scher Fra­ge­stel­lun­gen an. Sie be­ur­tei­len die aus Ali­gn­ments ab­ge­lei­te­ten Con­sen­sus-Se­quen­zen und dis­ku­tie­ren die Re­le­vanz der Er­geb­nis­se in Be­zug auf die Fra­ge­stel­lung.

Mul­ti­ple Ali­gn­ments mit ei­nem ge­eig­ne­ten Pro­gramm
Clustal; CLC Se­quence View­er
  • Con­sen­sus-Se­quen­zen
Web­Lo­go; vgl. BPE 4
  • Un­ter­schie­de zwi­schen Nu­kleo­tid- und Ami­no­säu­re­se­quen­z-A­li­gn­ments
vgl. BPE 7
Pu­bli­zier­te Con­sen­sus-Se­quen­zen, Funk­ti­on
Re­cher­che; vgl. BPE 6

BPE 9

Se­quenz­ba­sier­te Da­ten­ban­k-Ab­fra­gen mit BLAST

8

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ler­nen die BLAST-Me­tho­de als ein un­er­läss­li­ches Ver­fah­ren der Se­quenz­ana­ly­se ken­nen. BLAST er­mög­licht ei­ne se­quenz­ba­sier­te Ab­fra­ge von Se­quenz­da­ten­ban­ken. Ih­nen wird be­wusst, dass BLAST ein In­stru­ment zur Cha­rak­te­ri­sie­rung neu­er Se­quen­zen dar­stellt mit dem ei­ne funk­tio­nel­le Ana­ly­se er­fol­gen kann. Dar­über hin­aus er­ken­nen die Schü­le­rin­nen und Schü­ler, dass mit­tels BLAST ho­mo­lo­ge Se­quen­zen in un­ter­schied­li­chen Or­ga­nis­men­grup­pen er­mit­telt und für ei­ne ver­tief­te Un­ter­su­chung be­kann­ter Se­quen­zen ge­nutzt wer­den kön­nen, z. B. zur Iden­ti­fi­zie­rung funk­tio­nel­ler Do­mä­nen von Pro­te­inen.

BPE 9.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben BLAST als Da­ten­ban­k-Ab­fra­ge und er­klä­ren die Vor­ge­hens­wei­se zu de­ren Durch­füh­rung. Sie er­läu­tern die Ziel­set­zun­gen von BLAST-Ab­fra­gen und die dies­be­züg­li­chen Ein­satz­mög­lich­kei­ten der BLAST-Va­ri­an­ten. Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wer­ten die Er­geb­nis­se von BLAST-Ab­fra­gen an­hand vor­ge­ge­be­ner Kri­te­ri­en aus.

BLAST-Al­go­rith­mus
oh­ne Er­läu­te­rung der sta­tis­ti­schen Hin­ter­grün­de
BLAST-Va­ri­an­ten: blastn, blastp
NCBI; blas­tx, tblastn, tblas­tx
Ziel­set­zun­gen
vgl. BPE 5
Kri­te­ri­en: Iden­ti­ties, Gaps, Po­si­ti­ves
Gra­phic Sum­ma­ry, De­scrip­ti­ons, Ali­gn­ments

BPE 9.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler wen­den BLAST-Ab­fra­gen an. Sie wer­ten an­ge­wand­te Me­tho­den des Se­quenz­ver­gleichs hin­sicht­lich ih­res Po­ten­zi­als zur Be­ant­wor­tung bio­lo­gi­scher Fra­ge­stel­lun­gen aus.

BLAST-Ab­fra­gen

  • un­be­kann­te Se­quen­zen
z. B. Se­quen­zen von En­zym-co­die­ren­den Ge­nen
  • funk­tio­nel­le Do­mä­nen be­kann­ter Pro­te­ine
z. B. DNA-bin­den­de Do­mä­ne von p53
Ana­ly­se der er­mit­tel­ten Da­ten­sät­ze
vgl. BPE 6
An­wen­dungs­mög­lich­kei­ten
Se­quenz­mo­tiv und Ex­pres­si­on, z. B. Con­sen­sus-Se­quenz­mo­ti­ve von En­han­cern; Se­quenz und Struk­tur bei Pro­te­inen, z. B. Trans­mem­bran-Pro­te­ine; evo­lu­tio­när kon­ser­vier­te Se­quenz­mo­ti­ve, z. B. bei ho­mo­lo­gen Ge­nen; vgl. BPE 10

Jahr­gangs­stu­fe 2

Ver­tie­fung – In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen – Pro­jekt­un­ter­richt (VIP)

16

Ver­tie­fung

In­di­vi­dua­li­sier­tes Ler­nen

Pro­jekt­un­ter­richt

z. B.
Übun­gen
An­wen­dun­gen
Wie­der­ho­lun­gen
z. B.
Selbst­or­ga­ni­sier­tes Ler­nen
Lern­ver­ein­ba­run­gen
Bin­nen­dif­fe­ren­zie­rung
z. B.
Re­ge­lung und Steue­rung (vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 2): Pro­gram­mie­ren ei­nes Mi­kro­con­trol­lers
Die The­men­aus­wahl des Pro­jekt­un­ter­richts hat aus den nach­fol­gen­den Bil­dungs­plan­ein­hei­ten un­ter Be­ach­tung Fä­cher ver­bin­den­der As­pek­te zu er­fol­gen.

BPE 10

Stamm­baum­re­kon­struk­ti­on: Evo­lu­ti­on, Ta­xo­no­mie und mo­le­ku­la­re Phy­lo­ge­nie

20

Die Be­trach­tung von Evo­lu­ti­ons­theo­rie und Ta­xo­no­mie bie­tet den Schü­le­rin­nen und Schü­lern die Ba­sis für die Er­kennt­nis, dass mo­le­ku­la­re Da­ten in Form von bio­lo­gi­schen Se­quen­zen zur Un­ter­su­chung der Phy­lo­ge­nie von Or­ga­nis­men­grup­pen her­an­ge­zo­gen wer­den kön­nen. Mit der An­wen­dung ver­schie­de­ner Ver­fah­ren zur Re­kon­struk­ti­on von Stamm­bäu­men ge­lan­gen die Schü­le­rin­nen und Schü­ler zu dem Ver­ständ­nis, dass die­se Ver­fah­ren Mo­del­le der Phy­lo­ge­nie und da­mit der Evo­lu­ti­on von Or­ga­nis­men­grup­pen lie­fern. Die­se sind zwar dis­ku­tier­bar, stel­len aber den­noch ei­nen wei­te­ren, si­gni­fi­kan­ten Be­leg für die Evo­lu­ti­ons­theo­rie dar. Dar­über hin­aus ler­nen die Schü­le­rin­nen und Schü­ler, dass die Ver­fah­ren der Stamm­baum­re­kon­struk­ti­on mit­tels Se­quenz­da­ten auch in an­de­ren Be­rei­chen der Bio­lo­gie, wie z. B. der Epi­de­mio­lo­gie ein­ge­setzt wer­den kön­nen.

BPE 10.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­läu­tern Be­le­ge für die Evo­lu­ti­ons­theo­rie und er­klä­ren zen­tra­le Punk­te der Evo­lu­ti­ons­theo­rie.

Ho­mo­lo­gi­en: Mor­pho­lo­gie, Se­quen­zen

Kon­ser­vier­te mo­le­ku­la­re Me­cha­nis­men
ge­ne­ti­scher Code, Stoff­wech­sel­we­ge
Evo­lu­ti­ons­theo­rie
syn­the­ti­sche Evo­lu­ti­ons­theo­rie
  • Va­ria­ti­on von Phä­no­ty­pen, Ge­no­ty­pen
Mu­ta­ti­on, Al­le­le
  • Kon­kur­renz, Se­lek­ti­on
dif­fe­ren­ti­el­ler Re­pro­duk­ti­ons­er­folg

BPE 10.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler be­schrei­ben Grup­pie­rungs­mög­lich­kei­ten von Le­be­we­sen als Grund­la­ge für die Phy­lo­ge­ne­tik und be­nen­nen Struk­tur­ele­men­te von Stamm­bäu­men. Sie er­läu­tern die Un­ter­schie­de zwi­schen ver­schie­de­nen Stamm­baum­ty­pen.

Mo­no‑, pa­ra‑, po­ly­phy­le­tisch
nach Wil­li Hen­nig; Kla­dis­tik
Äs­te, Kno­ten, Blät­ter; Di­cho­to­mie
zur Dar­stel­lung ei­ner Kla­dis­tik
Kla­do­gramm, Phy­lo­gramm

BPE 10.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler stel­len das Kon­zept ei­ner mo­le­ku­la­ren Uhr dar und er­klä­ren de­ren An­wen­dungs­mög­lich­keit. Sie be­schrei­ben die prin­zi­pi­el­len Grund­la­gen von ver­schie­de­nen Ver­fah­ren zur Re­kon­struk­ti­on von Stamm­bäu­men.

Mo­le­ku­la­re Uhr: Aus­tauschra­ten, Da­tie­rung
Ul­tra­me­trik, Den­dro­gramm; UPG­MA
Neigh­bour Joi­ning (NJ): Dis­tanz­ver­fah­ren

Ma­xi­mum-Par­si­mo­ny (MP): Par­si­mo­nie­ana­ly­se

BPE 10.4

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler mo­del­lie­ren auf der Ba­sis ei­nes Ali­gn­ments mo­le­ku­la­re Stamm­bäu­me mit­hil­fe von ge­eig­ne­ten Pro­gram­men. Sie dis­ku­tie­ren Grün­de für un­ter­schied­li­che Er­geb­nis­se bei dem Ein­satz ver­schie­de­ner Ver­fah­ren und ent­wi­ckeln Hy­po­the­sen über die Va­li­di­tät der ein­zel­nen Er­geb­nis­se. Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler er­läu­tern wei­te­re An­wen­dungs­mög­lich­kei­ten der mo­le­ku­la­ren Phy­lo­ge­nie.

Stamm­baum­re­kon­struk­ti­on
ME­GA, PAUP, Sea­View
  • Neigh­bour Joi­ning (NJ) als Ver­fah­ren

  • Ma­xi­mum Par­si­mo­ny (MP) als Ver­fah­ren

  • Un­ter­schie­de
spe­zi­fi­sche An­nah­men bei den je­wei­li­gen Ver­fah­ren
Wei­te­re An­wen­dungs­mög­lich­kei­ten
Un­ter­su­chung von Mi­gra­tio­nen, Her­kunft des Men­schen (Ou­t-of-Af­ri­ca-Hy­po­the­se), Ent­ste­hung und Aus­brei­tung von Vi­ren­stäm­men

BPE 10.5

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler stel­len das grund­sätz­li­che Prin­zip des Boot­strap­pin­g-Ver­fah­rens dar. Sie über­prü­fen die Hy­po­the­sen zur Va­li­di­tät der er­mit­tel­ten Stamm­bäu­me.

Boot­strap­ping als sta­tis­ti­sche Ab­si­che­rung
ME­GA, PAUP, Sea­View
  • Schwel­len­wert

  • Me­tho­de des Zie­hens

  • Aus­sa­ge­kraft für die Kno­ten

  • Kon­sen­sus-Baum mit Pro­zent­wer­ten

Stamm­baum als Mo­dell
al­ter­na­ti­ve Ver­fah­ren, z. B. Ma­xi­mum Li­kelihood
Re­fe­ren­z-Stamm­bäu­me
Re­cher­che

BPE 11

Pro­gram­mie­rung zur Se­quenz­ana­ly­se

20

Nach­dem die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ei­ni­ge Pro­gram­me und Werk­zeu­ge zur Se­quenz­ana­ly­se ken­nen­ge­lernt und da­mit de­ren Be­deu­tung für die Ge­no­mik er­kannt ha­ben, soll ih­nen nun die Pro­gram­mie­rung als prin­zi­pi­el­le Mög­lich­keit der Ent­wick­lung neu­er, be­darfs­ge­rech­ter Werk­zeu­ge auf­ge­zeigt wer­den. Hier­zu kön­nen sie auf be­reits vor­han­de­ne Grund­kennt­nis­se der Pro­gram­mie­rung zu­rück­grei­fen, trai­nie­ren aber in be­son­de­rer Wei­se die Ent­wick­lung von spe­zi­fi­schen Al­go­rith­men im Kon­text der Mus­ter­er­ken­nung als Ba­sis der Se­quenz­ana­ly­se.

BPE 11.1

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler über­tra­gen vor­han­de­ne Grund­kennt­nis­se der Pro­gram­mie­rung auf die An­wen­dung ei­ner Pro­gram­mier­spra­che, die be­vor­zugt zur spe­zi­fi­schen Be­ar­bei­tung von Fra­ge­stel­lun­gen der Se­quenz­ana­ly­se ein­ge­setzt wird. Sie er­wei­tern die Grund­kennt­nis­se um spe­zi­fi­sche Ele­men­te, die für die tex­tu­el­le Mus­ter­er­ken­nung als Grund­la­ge ei­ner Se­quenz­ana­ly­se er­for­der­lich sind.

Pro­gram­mier­spra­che: Py­thon oder PERL

Ele­men­te der Pro­gram­mier­spra­che
vgl. In­for­ma­tik, Jahr­gangs­stu­fe 1
  • Da­ten­ty­pen, Va­ria­blen, Aus­drü­cke
tex­tu­el­les Mus­ter als re­gu­lä­rer Aus­druck
  • Ope­ra­to­ren, An­wei­sun­gen

  • Kon­troll­struk­tu­ren

BPE 11.2

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ent­wi­ckeln ein­fa­che Al­go­rith­men, die es er­mög­li­chen, die spe­zi­fi­schen An­for­de­run­gen der Se­quenz­ana­ly­se zu be­ar­bei­ten. Sie do­ku­men­tie­ren, kom­men­tie­ren und im­ple­men­tie­ren die er­ar­bei­te­ten Al­go­rith­men.

Al­go­rith­men für die Se­quenz­ana­ly­se

  • Da­ten­ein­ga­be
Kom­man­do­zei­le, FAS­TA-Da­tei­en; vgl. BPE 6
  • Da­ten­ver­ar­bei­tung
as­so­zia­ti­ve Lis­ten, tex­tu­el­le Mus­ter, Ma­ni­pu­la­ti­on von Zei­chen­ket­ten; vgl. BPE 4, BPE 6
  • Da­ten­aus­ga­be
Bild­schirm, Da­tei
Struk­to­gramm oder Pro­gramm­ab­lauf­plan (PAP)
Nas­si-Shnei­der­man-Dia­gramm
Pro­gram­me für die Se­quenz­ana­ly­se
Co­die­ren in der je­wei­li­gen Pro­gram­mier­spra­che

BPE 11.3

Die Schü­le­rin­nen und Schü­ler ent­wi­ckeln, do­ku­men­tie­ren, kom­men­tie­ren und im­ple­men­tie­ren ei­nen Al­go­rith­mus zur OR­F-Ana­ly­se als bio­in­for­ma­ti­sches Werk­zeug der Se­quenz­ana­ly­se.

Pro­gramm zur OR­F-Ana­ly­se: Funk­ti­ons­um­fang
open rea­ding frame; vgl. Bio­tech­no­lo­gie, Jahr­gangs­stu­fe 1
  • In­tron-lo­se DNA-Se­quenz ein­le­sen

  • re­ver­s-kom­ple­men­tä­ren Strang er­zeu­gen

  • al­le ORF er­mit­teln
ATG als Start­codon; sechs mög­li­che Le­se­ras­ter
  • Län­ge der ORF be­stim­men, längs­ten ORF aus­wäh­len

  • ORF kon­zep­tio­nell trans­la­tie­ren

  • Da­ten for­ma­tiert aus­ge­ben

Ope­ra­to­ren­lis­te

In den Ziel­for­mu­lie­run­gen der Bil­dungs­plan­ein­hei­ten wer­den Ope­ra­to­ren (= hand­lungs­lei­ten­de Ver­ben) ver­wen­det. Die­se Ziel­for­mu­lie­run­gen (Stan­dards) le­gen fest, wel­che An­for­de­run­gen die Schü­le­rin­nen und Schü­ler in der Re­gel er­fül­len. Zu­sam­men mit der Zu­ord­nung zu ei­nem der drei An­for­de­rungs­be­rei­che (AFB) die­nen Ope­ra­to­ren ei­ner Prä­zi­sie­rung. Dies si­chert das Er­rei­chen des vor­ge­se­he­nen Ni­veaus und die an­ge­mes­se­ne In­ter­pre­ta­ti­on der Stan­dards.

An­for­de­rungs­be­rei­che
An­for­de­rungs­be­reich I um­fasst die Wie­der­ga­be von be­kann­ten Sach­ver­hal­ten aus ei­nem ab­ge­grenz­ten Ge­biet im ge­lern­ten Zu­sam­men­hang, die Be­schrei­bung und Dar­stel­lung be­kann­ter Ver­fah­ren, Me­tho­den und Prin­zi­pi­en der In­for­ma­tik, die Be­schrei­bung und Ver­wen­dung ge­lern­ter und ge­üb­ter Ar­beits­tech­ni­ken und Ver­fah­rens­wei­sen in ei­nem be­grenz­ten Ge­biet und in ei­nem wie­der­ho­len­den Zu­sam­men­hang.
An­for­de­rungs­be­reich II um­fasst die selbsts­tän­di­ge Ver­wen­dung (Aus­wäh­len, An­ord­nen, Ver­ar­bei­ten und Dar­stel­len) be­kann­ter Sach­ver­hal­te zur Be­ar­bei­tung neu­er Fra­ge- oder Pro­blem­stel­lun­gen un­ter vor­ge­ge­be­nen Ge­sichts­punk­ten in ei­nem durch Übung be­kann­ten Zu­sam­men­hang, die selbsts­tän­di­ge Über­tra­gung des Ge­lern­ten auf ver­gleich­ba­re neue Si­tua­tio­nen mit ve­r­än­der­ten Fra­ge­stel­lun­gen, ve­r­än­der­ten Sach­zu­sam­men­hän­gen oder ab­ge­wan­del­ten Ver­fah­rens­wei­sen, die An­wen­dung be­kann­ter Ver­fah­ren, Me­tho­den und Prin­zi­pi­en der In­for­ma­tik zur Lösung ei­nes neu­en Pro­blems aus ei­nem be­kann­ten Pro­blem­kreis.
An­for­de­rungs­be­reich III um­fasst das plan­mäßi­ge Ver­ar­bei­ten kom­ple­xer Ge­ge­ben­hei­ten mit dem Ziel, zu selbsts­tän­di­gen Ge­stal­tun­gen bzw. Deu­tun­gen, Fol­ge­run­gen, Be­grün­dun­gen, Wer­tun­gen zu ge­lan­gen; die be­wuss­te und selbsts­tän­di­ge Aus­wahl und An­pas­sung ge­eig­ne­ter ge­lern­ter Me­tho­den und Ver­fah­ren in neu­ar­ti­gen Si­tua­tio­nen, da­bei wer­den aus ge­lern­ten Denk­me­tho­den bzw. Lösungs­ver­fah­ren die zur Be­wäl­ti­gung der Auf­ga­be ge­eig­ne­ten selbsts­tän­dig aus­ge­wählt und ei­ner neu­en Pro­blem­stel­lung an­ge­passt.
Ope­ra­tor Er­läu­te­rung Zu­ord­nung
AFB
an­wen­den
ei­nen be­kann­ten Sach­ver­halt, ei­ne be­kann­te Me­tho­de auf ei­ne neue Pro­blem­stel­lung be­zie­hen
I, II
aus­wer­ten
Da­ten, Ein­zel­er­geb­nis­se oder Sach­ver­hal­te zu ei­ner ab­schlie­ßen­den Ge­samt­aus­sa­ge zu­sam­men­füh­ren
II, III
be­grün­den
für ei­nen ge­ge­be­nen Sach­ver­halt ei­nen fol­ge­rich­ti­gen Zu­sam­men­hang zwi­schen Ur­sa­che und Wir­kung her­stel­len
II
be­nen­nen, nen­nen
Sach­ver­hal­te, Struk­tu­ren und Pro­zes­se be­griff­lich auf­füh­ren
I, II
be­rech­nen
mit­tels cha­rak­te­ris­ti­scher Merk­ma­le ei­nen Sach­ver­halt ge­nau fest­stel­len und be­schrei­ben
I, II
be­schrei­ben
Struk­tu­ren, Sach­ver­hal­te oder Zu­sam­men­hän­ge struk­tu­riert und fach­sprach­lich rich­tig mit ei­ge­nen Wor­ten wie­der­ge­ben
I, II
be­stim­men
ei­nen Zu­sam­men­hang oder ei­nen mög­li­chen Lö­sungs­weg auf­zei­gen und das Er­geb­nis for­mu­lie­ren
II, III
be­ur­tei­len
den Stel­len­wert von Sach­ver­hal­ten oder Pro­zes­sen in ei­nem Zu­sam­men­hang be­stim­men, um kri­te­ri­en­ori­en­tiert zu ei­nem be­grün­de­ten Sa­chur­teil zu ge­lan­gen
III
be­zeich­nen
Sach­ver­hal­te, Struk­tu­ren und Pro­zes­se er­ken­nen und zu­tref­fend for­mu­lie­ren
I
dar­stel­len
Zu­sam­men­hän­ge, Sach­ver­hal­te, Me­tho­den etc. in struk­tu­rier­ter Form gra­fisch oder ge­ge­be­nen­falls fach­sprach­lich wie­der­ge­ben
I, II
de­fi­nie­ren
ei­nen Be­griff ex­akt be­stim­men, um ihn von an­de­ren ab­zu­gren­zen
II, III
dis­ku­tie­ren
zu ei­nem Sach­ver­halt, zu ei­nem Kon­zept oder zu ei­ner Pro­blem­stel­lung ei­ne Ar­gu­men­ta­ti­on ent­wi­ckeln, die zu ei­ner be­grün­de­ten Be­wer­tung füh­ren
II, III
do­ku­men­tie­ren
al­le not­wen­di­gen Er­klä­run­gen, Her­lei­tun­gen und Skiz­zen dar­stel­len
II, III
ein­ord­nen
ei­nen Sach­ver­halt oder ei­ne Aus­sa­ge mit er­läu­tern­den Hin­wei­sen in ei­nen Zu­sam­men­hang stel­len
II, III
ent­wer­fen, pla­nen
zu­sam­men­stel­len von Funk­tio­na­li­tä­ten un­ter Be­rück­sich­ti­gung vor­ge­ge­be­ner Da­ten
II, III
ent­wi­ckeln
zu ei­nem Sach­ver­halt oder zu ei­ner Pro­blem­stel­lung ein kon­kre­tes Lö­sungs­mo­dell oder ein Lö­sungs­kon­zept be­grün­dend skiz­zie­ren
II, III
er­klä­ren, er­läu­tern
Struk­tu­ren, Pro­zes­se und Zu­sam­men­hän­ge von Er­schei­nun­gen er­fas­sen, in Ein­zel­hei­ten ver­deut­li­chen und durch zu­sätz­li­che In­for­ma­tio­nen ver­ständ­lich ma­chen
I, II
er­mit­teln
ei­nen Zu­sam­men­hang oder ei­ne Lö­sung fin­den und das Er­geb­nis for­mu­lie­ren
I, II
er­stel­len
dar­stel­len von Sach­ver­hal­ten ge­mäß der vor­ge­ge­be­nen Syn­tax
II
er­wei­tern
ei­ne vor­ge­ge­be­ne Struk­tur um Be­stand­tei­le er­gän­zen
II, III
iden­ti­fi­zie­ren, kenn­zeich­nen
das We­sent­li­che und Ty­pi­sche be­nen­nen
II
im­ple­men­tie­ren
Al­go­rith­men und Da­ten­struk­tu­ren in ei­ne Pro­gram­mier­spra­che um­set­zen
II
kom­men­tie­ren
kau­sa­le Zu­sam­men­hän­ge an­hand ge­ge­be­ner oder ei­ge­ner Er­geb­nis­se prä­zi­se vor­stel­len
II, III
mo­del­lie­ren
zu ei­nem Aus­schnitt der Rea­li­tät ein in­for­ma­ti­sches Mo­dell an­fer­ti­gen
II, III
skiz­zie­ren
die we­sent­li­chen Ei­gen­schaf­ten ei­nes Ob­jek­tes, ei­nes Sach­ver­hal­tes oder ei­ner Struk­tur gra­fisch dar­stel­len
I, II
Stel­lung neh­men
un­ter Her­an­zie­hung von Kennt­nis­sen dif­fe­ren­ziert ei­ne ei­ge­ne be­grün­de­te Po­si­ti­on be­zie­hen
III
über­prü­fen, tes­ten
Sach­ver­hal­te, Pro­ble­me, Fra­ge­stel­lun­gen nach be­stimm­ten fach­lich üb­li­chen Kri­te­ri­en un­ter­su­chen
II, III
über­tra­gen
ei­nen be­kann­ten Sach­ver­halt, ei­ne be­kann­te Me­tho­de auf ei­ne neue Pro­blem­stel­lung be­zie­hen
II, III
ver­voll­stän­di­gen
Sach­ver­hal­te, Aus­drü­cke oder Aus­sa­gen nach be­reits vor­lie­gen­den Kri­te­ri­en mit zu­sätz­li­chen In­for­ma­tio­nen ver­se­hen
I, II
zeich­nen
ei­ne an­schau­li­che und hin­rei­chend ex­ak­te gra­fi­sche Dar­stel­lung ge­ge­be­ner Struk­tu­ren an­fer­ti­gen
I, II
vgl. Ein­heit­li­che Prü­fungs­an­for­de­run­gen in der Ab­itur­prü­fung Be­ruf­li­che In­for­ma­tik der KMK i. d. F. vom 10.05.2007

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